流产三个月后肚子隐隐作痛，可能是腹部受凉、月经来潮、宫腔感染等因素引起的，需根据患者实际情况对症处理，具体分析如下：

1、腹部受凉

流产通常是通过使用药物或者是手术的方式，提前结束妊娠。在手术过后，患者子宫以及阴道等部位会受到不同程度的损伤，此时身体较为虚弱。如果腹部受凉，导致平滑肌收缩痉挛，就可能会出现流产三个月后肚子隐隐作痛的情况。通常无需特殊处理，可以使用暖宝进行热敷。

2、月经来潮

在妊娠期间，因体内的孕激素水平较高，子宫内膜相对稳定，因此会处于停经状态。在流产后三个月时间，体内的激素水平下降，月经基本恢复正常，在月经来潮前，子宫收缩逐渐频繁，也会产生该症状。建议在此期间应注意身体的保暖，不要过于的疲劳。

3、宫腔感染

如果在手术过程中操作不当，致使宫腔部位严重受损，甚至存在胚胎组织残留情况。在手术结束后，受损部位可能会受到外界细菌入侵，进而产生炎症反应，局部黏膜水肿，分泌炎性物质，就会引起宫腔粘连，出现上述情况。建议前往医院，进行腹腔镜手术治疗。

除此之外，还可能是子宫内膜炎、宫颈炎、宫腔粘连等病症造成的。建议如果疼痛得不到缓解，还需前往医院进行检查，不要耽误病情。