剧烈运动后两个肾疼可能与肾外因素有关，也可能是肾内因素包括肾下垂、肾结石、肾盂肾炎等造成。具体如下：

一、肾外因素

平时运动较少，一旦剧烈运动后容易出现局部的肌肉痉挛，或者运动不当导致肌肉拉伤，引起局部疼痛，疼痛一般在腰部。会使人误以为是肾疼，即可见剧烈运动后肾疼。

二、肾内因素

1、肾下垂

肾脏位于胸腰之间两侧的肾窝内，由于背部的纵行肌肉与腹腔脏器的固定，一般不会过多地移位。但因肾周脂肪囊下方是一个潜在的疏松的间隙，因此当腹压降低时，肾脏可能向下移位造成肾下垂。出现剧烈运动后肾疼的情况。

2、肾结石

结石形成后会在局部范围内移动，在运动时，如果结石移动的幅度比较大，可能会刺激泌尿管或者肾盂，进而出现运动后肾疼的现象，可以通过肾脏超声来进行诊断。

3、肾盂肾炎

患有肾盂肾炎时，疾病的炎症因子会反复刺激局部组织，引起肾疼。运动后会加重炎症因子对组织的刺激，导致疼痛加重。

除了上述之外，还可能有其他原因，比如肾脏囊肿破裂、肾癌等，要及时到医院就诊，由医生通过检查来明确原因，并进行针对性治疗。