吃完褪黑素第二天头疼可能是药物不良反应、紧张性头痛、颈椎病等原因导致，需根据具体病因选择一般治疗、药物治疗。具体分析如下：

1、药物不良反应

褪黑素是一种激素类药物，如果患者身体不能耐受该药物，会导致头痛和恶心等不良反应，可通过多喝水以及停止服用药物缓解症状。

2、紧张性头痛

主要由头颈部肌肉持续收缩和肌内小动脉受压引起，其临床表现为单侧或双侧头部疼痛，并伴有头晕、乏力、耳鸣等不适症状。可遵医嘱服用萘普生胶囊、头痛宁胶囊等药物治疗。

3、颈椎病

如果患者患有颈椎病，可能会因为睡眠中姿势不当而压迫周围的神经组织，引起头痛和头晕等不适，需通过手术进行治疗。

除上述常见原因外，还可能是植物神经紊乱、精神衰弱、脑血管硬化等原因导致。建议若有不适，应及时就医治疗。