确诊后的先天性巨结肠，都需要手术治疗。手术后必定肠管变短，一般肛门需要处理，孩子手术后可能会出现肠管脱垂、大便控制功能障碍、污粪、失禁，巨结肠会复发，最严重的并发症是小肠结肠炎。

　　小肠结肠炎在术前和术后都可以发生，比较严重的小肠结肠炎，发作速度非常快，可以快速出现感染、休克，甚至危及生命。比较轻的小肠结肠炎就是肛门控制问题，主要是污粪。