法洛氏四联症主要是由于患者心脏畸形引起的缺氧，所以首先最常见的并发症为脑血栓，即红细胞增多症，血粘稠度增高，血流滞缓。

　　其次，法洛氏四联症的并发症还包括脑脓肿，主要由于细菌性血栓所导致，患者脑部出现感染和脓肿。

　　另外，亚急性细菌性心内膜炎也是法洛氏四联症的并发症。

　　最后，积极进行手术治疗的患儿，也会出现术后的并发症，比如肺部并发症，包括肺部感染、肺炎等，同时还会出现低心排综合征、手术切口出血、渗血等。