急性肾盂肾炎，如果有发热等感染症状的患者应卧床休息，并鼓励患者多饮水、勤排尿，可以服用碳酸氢钠以碱化尿液，减轻膀胱刺激症状。而急性肾盂肾炎的治疗关键主要是使用血浓度高以及对致病的微生物敏感的抗生素。临床上应根据患者的症状和体征的严重程度而选择治疗方案和药物。

一般来说，需要静脉给药迅速控制败血症，继而口服给药清除病原体，维持治疗效果和预防复发。选择药物的基本原则是选择敏感药物，血药浓度足够高，对于症状较轻的患者，如果无恶心、呕吐可以口服甲氧苄啶、磺胺甲恶唑或氟喹诺酮类药物。在患者退烧24小时之后可以继续胃肠外给药，此时可以服用氟喹诺酮类药物来完成14天的疗程，可以有效的清除感染的病原体和胃肠道中的残余病原体。