角膜病的检查主要是裂隙灯显微镜检查和角膜曲率、角膜地形图检查、角膜溃疡组织刮片检查行染色，有助于早期病因学诊断，同时进行细菌、真菌、阿米巴培养，以便选择合适的治疗方案。

镜片或培养的病原体阳性率低的，需要多次取材，必要时做角膜病变区组织活检，以提高阳性率。

角膜共焦显微镜提供了一种无创性的检查手段，适用于感染性角膜炎如真菌性，棘阿米巴角膜溃疡等的早期病因诊断，在不同阶段多次使用，可作为评价疗效的一个指标。