临床上主要依靠痰液或防污染毛刷经纤维支气管镜，在下呼吸道取材或进行支气管肺泡灌洗，取灌洗液作细菌定量培养及鉴定才能确诊。

患者若有化脓性肺炎表现，且有鼻饲营养治疗等侵入性操作史，临床上经用青霉素或头孢类抗生素治疗无效，应考虑肠球菌肺炎的可能，并进一步作病原学检查，肠球菌肺炎应与其他化脓性细菌引起的肺炎相鉴别，主要依靠病原学检查。