尽管葡萄球菌感染后可出现多种后继免疫反应，并且曾经尝试制造葡萄球菌疫苗、葡萄球菌类毒素等免疫制剂，但至今尚未证明任何一种免疫性预防措施是有效的。

有人主张治疗带菌者，用鼻咽拭子采样后，培养结果阳性的人，可予每天口服利福平0.45～0.6g，连服5天。或与其他敏感的抗菌药物合用，可明显地减少葡萄球菌的感染。在6～12周后根据个体的具体情况，必要时重复一个疗程。亦有应用抗生素，如杆菌肽或新霉素滴鼻液、莫匹罗星或杆菌肽软膏搽鼻前庭部局部治疗的报道。

医护人员应严格无菌操作技术，做好病区内消毒隔离，接触每一个病人后要洗手。

对于有葡萄球菌感染病灶者，尤其是感染医院内耐药菌株者，应进行隔离，阻断传染源和传播途径。相关医护人员同时行鼻咽拭子培养，若培养出同一型细菌，则医护人员亦属医院内葡萄球菌感染有关的带菌者，必要时应更换工作岗位。