对于长期消化不良的患者首先需要行胃镜、肠镜等相关检查，排除消化系统的器质性病变。若患有器质性病变，首先治疗原发病。

　　若无器质性病变，可以口服多酶片、胰酶肠溶片、胃蛋白酶等消化酶助消化。服用胃复安、莫沙必利等胃肠动力药物调节胃肠功能，服用四联活菌素片等调节肠道菌群失调，黛力新等改善患者的焦虑抑郁等精神症状。