如果存在单侧巧克力囊肿，但对侧卵巢功能正常，且有正常排卵、输卵管通畅，精子与卵子结合，便可以自然受孕。

　　因为巧克力囊肿易引起盆腔炎，对侧卵巢易受累，所以诊断巧克力囊肿时，需采取手术治疗，手术中尽量保留双侧卵巢功能，必要时予以药物巩固治疗。

　　对于有生育要求的女性，可通过促排卵等处理达到怀孕目的，尤其是巧克力囊肿手术后，可通过早期怀孕，降低复发几率。若巧克力囊肿严重，则难以自然怀孕，可采取试管婴儿。