生化妊娠和自然流产的区别有以下几个方面：

　　第一、流产时间有所区别。生化妊娠是指受精卵未着床或者着床后的两周内出现妊娠结束。而自然流产表现在较大月份妊娠的流产。

　　第二、生化妊娠着床部位因无法在B超下确定，可出现在子宫内膜面，还可在子宫内膜以外部位流产，而自然流产是指宫内妊娠着床后的流产。