男生小便疼痛原因如下：

　　一、尿道炎，比如淋菌或者非淋菌性尿道炎，均会引起小便刺痛、尿道烧灼感、尿道刺痒、尿道口脓性分泌物增多等症状，在确诊以后主要是以抗感染治疗为主，并且禁止性生活，防止交叉感染。

　　二、尿道结石，如果尿道内存在结石，在排尿时结石会移动，就会导致尿道黏膜损伤，引起小便疼痛。