奥美拉唑常见的不良反应有头痛、头晕、腹痛、恶心呕吐、腹泻、胃肠胀气;部分患者可能有便秘症状。在大多数情况下,上述不良反应随继续用药而耐受或者逐渐减轻。
还有部分患者长期应用奥美拉唑,可能导致出现机体出现骨质疏松、缺铁性贫血、萎缩性胃炎、胃底腺息肉、小肠细菌过度生长等情况。