耳朵根后面窝那里疼可能是智齿冠周炎、带状疱疹的早期、外耳道炎等原因引起的，建议对因治疗。

1、智齿冠周炎：本病严重时会导致耳朵根后面窝那里疼。建议在医生的指导下使用甲硝唑、罗红霉素等药物治疗，待炎症控制以后再拔除智齿。

2、带状疱疹的早期：如果受到疱疹病毒感染，在早期时可能会侵犯到耳大神经，导致其发炎，而发生耳朵根后面窝那里疼的现象。通常可以遵医嘱使用阿昔洛韦、盐酸伐昔洛韦等药物治疗。

3、外耳道炎：病菌会导致外耳道黏膜出现水肿、充血等，当病情进一步发展时，就可能会导致耳道有疖肿，从而引起耳朵根后面窝那里疼。建议遵医嘱使用氧氟沙星、环丙沙星等药物治疗。