胃镜检查过程中，大部分人会感觉到咽喉部不舒服、恶心。肠镜过程中病人会感觉到腹胀不同程度的疼痛，具体疼痛的严重程度因人而异。

　　如果特别惧怕胃肠镜检查痛苦，也可以经麻醉师评估以后，采取无痛胃肠镜检查的方式。无痛胃肠镜检查是在检查以前，给病人静脉注射镇静药物或者麻醉药物，当病人进入睡眠状态以后再检查，对整个检查过程没有任何感觉。