隐睾手术后睾丸萎缩的原因是由于本身睾丸长期在体内而不在阴囊中，温度比较高，睾丸本身的生精细胞曲精小管大量受到损害，睾丸的本身体积较小，即便拉到阴囊内和正常位置仍然会进一步的萎缩变小。

　　还有一种原因是由于睾丸下拉固定在阴囊的过程中，一些动脉甚至血管的损伤，可以使睾丸供血减少，引起睾丸萎缩。