异维A酸对肾脏的副作用比较少见，主要表现为肾小球肾炎，实验室检查可能出现血尿酸升高、尿中出现白细胞、蛋白尿，显微镜下或肉眼血尿。肾功能正常的患者，如果遵医嘱用药，一般很少出现肾脏副作用，但由于异维A酸经过肾脏排泄，肾功能不全的患者或使用的剂量超过肾脏对于该药物的负荷阈值，则可能出现肾脏损伤。如果患者在服用异维A酸后出现肉眼血尿、肾区叩痛、恶心、发热等不适，应停药并立即前往正规医院就诊。

异维A酸更为常见的副作用是引起胎儿畸形、肝功能异常、血脂异常、血糖波动、皮肤黏膜干燥、脱屑、唇炎、结膜炎等，少数患者可能出现抑郁。异维A酸用于寻常痤疮、粉刺的治疗，由于有较多副作用，因此仅在抗生素治疗无效的情况下使用，并且患者必须在专业皮肤科医师指导下使用此药物。