男性肛门疣在临床上，可通过药物治疗、物理治疗、手术治疗等方式治疗，具体如下：

1、药物治疗：可以在医生指导下使用外用药物，比如复方丙酸氯倍他索软膏、水杨酸软膏、斑蝥素乳膏等药物，或者采取皮损内注射的方法，比如注射用盐酸平阳霉素、维生素D3注射液等药物。在使用药物治疗期间，需要密切关注身体状况，如有出现不适症状，需及时到医院就诊治疗。

2、物理治疗：建议到正规医院皮肤科，找专业医师就诊治疗，根据自己情况，选择合适的治疗方法，比如可以选择冷冻、激光、电灼、微波等方法，其中冷冻治疗，是通过液氮使疣体坏死、脱落。电灼治疗，是在距离皮肤1～2 mm左右，通过有效电极放出电火花，从而灼毁疣体，达到治疗作用。微波治疗，是使疣组织内的分子高速运动，产生巨大振荡，在很小的范围内瞬间产生高温，从而使疣体发生坏死。

3、手术治疗：对于带蒂、体积较大，且孤立的肛门疣，可考虑手术切除，手术切除后，需要在局部创面涂抹抗病毒凝胶，比如重组人干扰素α2b凝胶。治疗期间，需要注意个人卫生，避免个人衣物、洗漱用品与家人共同使用或接触，做好定期复查。