一般来说，扁桃体囊肿患者如果只切囊肿，会容易复发。这是因为扁桃体囊肿一般是由反复扁桃体慢性炎症刺激而引起，或者是因扁桃体隐窝引流不通畅造成的腺体分泌物潴留，从而形成的囊性肿物，所以连同扁桃体切除后才能避免扁桃体囊肿的复发。

对于扁桃体囊肿的治疗，通常包括一般治疗、药物治疗和手术治疗，具体如下：

1、一般治疗，注意清淡的饮食，避免吃辛辣刺激性食物，如生蒜、洋葱、火锅等，以免加重扁桃体的慢性炎症。可以多吃新鲜水果和蔬菜，如葡萄、凤梨、苹果、香菜、生菜、花菜等，其中富含维生素和膳食纤维，有利于病情的恢复。

2、药物治疗，对于有慢性炎症的患者，可以在医生指导下含服含片治疗，如西地碘含片、复方熊胆薄荷含片等，有消炎利肿的作用。

3、手术治疗，一般来说，囊肿较小的、无症状的患者观察即可，不需要手术治疗。而对于囊肿体积较大，且患者不适症状较重的患者，需要行手术治疗，如经口扁桃体切除及囊肿切除，术后一般不会复发。