喉咙单侧吞口水疼痛，考虑与急性扁桃体炎、急性咽炎、疱疹性咽峡炎等因素有关，不同的病因治疗方法也不同，具体如下：

1、急性扁桃体炎：是扁桃体的一种非特异性急性炎症，大多是在机体抵抗力降低时感染细菌或病毒所致，通常伴有不同程度的一侧或者双侧扁桃体充血肿胀，在吞口水时出现疼痛明显或者加重。若是细菌感染所致，建议在医生指导下应用抗生素治疗，比如头孢克肟、左氧氟沙星、罗红霉素等；若是病毒感染所致，则建议应用抗病毒的药物，比如利巴韦林、奥司他韦等；若出现扁桃体反复发炎，则建议行手术切除治疗。

2、急性咽炎：是咽部黏膜与黏膜下组织的急性炎症，炎症可刺激咽部黏膜，从而导致咽部充血肿胀，通常表现为吞口水时整个咽部的疼痛，部分可出现单侧疼痛。在急性期建议在医生指导下应用抗生素治疗，比如阿莫西林、头孢丙烯、莫西沙星等；同时应用中成药进行辅助治疗，比如一清胶囊、蒲地蓝消炎口服液、板蓝根颗粒等，同时注意多喝水，清淡饮食。

3、疱疹性咽峡炎：由肠道病毒引起的以急性发热和咽峡部疱疹溃疡为特征的急性传染性咽颊炎，局部会有疱疹形成，在吞口水时就会出现该侧疼痛。目前对于该病尚无特效疗法，主要是对症治疗，比如注意口腔卫生，保持口腔清洁，用淡盐水进行漱口，用硝酸银涂于溃疡处；也可以应用清热解毒的药物，如银黄颗粒、山香圆颗粒等以减轻咽痛的症状。