新指甲长出来凹凸不平可能是由于体内微量元素缺乏、甲癣、银屑病等情况引起，不同疾病有不同致病原因和治疗方法。

1、体内微量元素缺乏：指甲的主要成分是角质蛋白，其生长需要维生素、蛋白质、钙等微量元素的支持。当体内微量元素缺乏时，指甲缺乏营养支持，新指甲长出来可能出现凹凸不平的症状。平时要保证营养均衡，多吃富含优质蛋白的食物，比如瘦肉、鸡蛋、牛奶等。必要时可以在医生指导下口服维D钙咀嚼片、复合维生素B片、维生素A软胶囊等。

2、甲癣：本病由于感染真菌引起，具有传染性，若足癣、手癣未及时治疗，或者与他人共用指甲剪、共用毛巾都可以诱发甲癣，真菌可累及甲床促使形成更多的角质生成细胞，导致新指甲长出来凹凸不平。本病需要抗真菌治疗，症状比较轻，可以外用环吡酮胺乳膏、硝酸咪康唑乳膏、盐酸阿莫罗芬搽剂等药物。症状比较严重，可以在医生指导下口服伊曲康唑胶囊、盐酸特比萘芬片、氟康唑胶囊等药物。

3、银屑病：本病与遗传、免疫功能失调、感染细菌或病毒等因素有关。银屑病可以发生症性反应，炎症可以累及到甲母质，使其功能受到影响，导致新指甲长出来凹凸不平。本病需要在医生的指导下治疗，可以外用卡泊三醇软膏、复方丙酸氯倍他索软膏、他克莫司软膏等药物。还可以配合甲氨蝶呤片、环孢素软胶囊、阿维A胶囊等药物治疗。中、重度银屑病患者，可以选择生物制剂治疗，比如乌司奴单抗注射液、依奇珠单抗注射液、阿达木单抗注射液等。