跑完步耳膜疼痛，可能是生理性因素引起的，还可能是中耳炎、鼓膜内陷等疾病引起的，具体如下：

1、生理性因素：可能是因为跑步时气流改变较快，通过咽鼓管影响鼓室内外压力不一致，并且气流直接刺激鼓膜，导致耳朵疼痛，并放射至耳后。对些体质较为敏感的人群而言，跑步过程中所产生的震动可能会刺激耳部敏感神经，引发耳膜疼痛症状，都是生理性反应，跑步后休息片刻症状会逐渐减轻直至自行缓解。

2、中耳炎：由于细菌以及病毒的感染，还可由感冒、流感、鼻窦炎等疾病引起。感染时病原体通过咽鼓管侵犯中耳，或者引起耳膜充血和肿胀，出现耳膜疼痛的症状；患者跑步的时候过度的通过鼻腔以及口咽通气，当空气或者病毒细菌逆行感染进入中耳腔时，便可诱发中耳炎，引起耳膜疼。

3、鼓膜内陷：可能是中耳内的空气不流通造成的，如果咽鼓管的形态和结构不正常，跑步时空气不能顺利进入中耳，鼓膜两边的压力平衡就会被打破，患者会自觉耳膜疼痛。