好几年了肛门半夜突然胀疼醒，可能是出现肛窦炎、直肠癌和自主神经功能紊乱，需要根据不同的病因来针对性治疗，具体如下：

1、肛窦炎

主要是因为积存的粪便和分泌物堵塞腺体管道引起，病程长时可出现肛门下坠感、异物感，肛周疼痛和肛门脓性分泌物。肛窦炎症状不严重时，可考虑保守治疗，比如早晚盐水坐浴，局部使用痔疮栓和清淡饮食等方式综合调理；如果药物治疗无效或者出现肛乳头明显肥大则建议手术治疗，如肛窦切开术或肛窦切除术。

2、自主神经功能紊乱

自主神经功能紊乱引起的肛周坠胀也称为肛门直肠神经官能症，可因为精神因素如紧张，焦虑，心情急躁和自主神经反射异常引起，可出现较为明显的异常感觉，比如长达几年的肛周坠胀，蚁爬行感甚至可出现轻微疼痛。目前并没有特效药物，主要以对症支持治疗为主，比如舒眠胶囊、维生素B1改善睡眠和匹维溴铵片、盐酸屈他维林片解除胃肠痉挛等。

3、直肠癌

直肠癌病因复杂，比如慢性炎症刺激，食物纤维摄入不足和家族遗传等，疾病早期可没有什么症状，但是随着病情发展可逐步出现肛门坠胀疼痛，大便性状改变等问题，还可出现体重下降等。需要尽快到医院做检查，比如直肠指检，结直肠镜和病理活检等，一旦诊断明确就建议及时手术处理，可以考虑根治性手术，如经腹会阴联合切除术、经腹低位切除和腹膜外一期吻合术和保留肛括约肌的直肠癌切除术；如果病情晚或出现远处多发转移，可以考虑姑息性手术并配合放化疗处理。