慢性肠胃炎的症状主要包括腹痛和腹泻，并且这些症状的出现持续在两周以上。

腹痛主要表现为上腹痛、下腹痛、脐周痛或者是全腹痛。疼痛的性质可以是胀痛、隐痛、间歇有剧烈性疼痛。腹泻可以表现为排便次数增多或者是大便性状改变，可以是水样便、糊状便、粘液便、粘液脓血便或者是鲜血便。

慢性肠胃炎可以分为功能性的慢性肠胃炎和器质性的慢性肠胃炎。功能性的慢性肠胃炎，就是临床上诊断的肠易激综合征，简称IBS。器质性的慢性肠胃炎，主要是溃疡性结肠炎和克罗恩病，这两种都属于炎症性肠病，都有腹痛和腹泻的症状。如果是严重的，还可以伴有发热和营养不良的表现，需要通过肠镜检查，明确诊断。