低位肛瘘和高位肛瘘，主要是依据其内瘘口距肛门的远近来确定的。

这两种肛瘘治疗方式也不尽相同，低位肛瘘一般合并有肛周脓肿，可以在腰麻下行外瘘口切开，瘘道的切开，同时清理感染坏死的组织，再配合予规律换药即可痊愈。而高位肛瘘因其位置较高，不能直接切开瘘管，否则容易导致肛门便失禁。一般需要行肛瘘挂线术，使创面逐渐的愈合，再配合以药物坐浴治疗和抗生素治疗等。还需要去医院进行规律的换药，肛瘘即可痊愈，在治疗期间不能饮用含有酒精的饮品。