灰指甲主要由真菌感染、免疫缺陷、局部屏障受损等因素引起。

灰指甲在医学上也叫做甲真菌病或甲癣，是由致病真菌感染所引起来的一种指甲病变。具体引起灰指甲的真菌种类很多，可以分为皮肤癣菌还有链球菌跟酵母菌、霉菌，都可以感染手部的指甲、甲板、甲床、甲周的组织，这样就会引起灰指甲，就是甲真菌病。

灰指甲发病的原因一方面是感染，通过直接接触或者间接接触而感染。再有就是自身机体免疫方面可能存在缺陷，特别是像HIV患者，或者是使用了激素免疫抑制剂的患者，免疫功能低下，对一些致病真菌的抵抗力比较弱，指甲就比较容易感染真菌形成灰指甲。另外就是局部的因素，包括指甲、手长期在水里面浸泡，导致指甲局部的屏障功能受损，真菌也容易乘虚而入，就容易诱发灰指甲的产生。