小肠炎的治疗需要针对病因进行治疗，如果是急性的小肠炎，常有病毒或者细菌感染引起，患者可以做血常规检查，血常规显示白细胞中性粒细胞升高的，就是细菌感染可以选择头孢或左氧氟沙星治疗，如果是血常规正常就是病毒性的急性小肠炎，可以选择对症治疗，可以选择益生菌，如复方嗜酸乳杆菌、双歧杆菌，乳酸杆菌、酪酸菌等治疗。

如果是慢性的小肠炎常有克罗恩病引起，可以选择氨基水杨酸类药物，糖皮质激素和细胞免疫抑制剂治疗，还可以选择抗菌药物如：喹诺酮类药物，硝基咪唑类药物，对于克罗恩病也有一定的疗效；甲硝唑对肛周病变、环丙沙星对瘘有效，还可以使用生物制剂如：英夫利昔单抗治疗。

如果克罗恩病并发完全性肠梗阻，瘘管与腹腔脓肿急性穿孔或不能控制的大出血，必须使用手术治疗。