跑完步睡觉起来头疼可能是生理因素，也可能是低血糖、高血压等病理因素引起，需根据不同病因针对性治疗。具体分析如下：

一、生理因素

在跑步过程中，身体的大部分血液会供应到四肢，剧烈运动很容易导致跑步后大脑短暂缺血缺氧，导致睡觉起来出现头痛的症状。可以通过休息进行缓解。

二、病理因素

1、低血糖

跑步的过程中会导致体内能量发生代谢，睡觉起来由于体内缺乏能量，当大脑无法获得足够的能量时，容易导致氧气和血液供应不足，出现头疼的现象。可以食用含糖的东西，如饼干、果汁等。

2、高血压

如果本身患有高血压，在跑步时可能会使血压增高，不能及时得到控制，睡觉起来可出现头痛、头晕等症状。可以在医生的指导下服用替米沙坦片、厄贝沙坦片等药物进行缓解。

除以上相对常见原因外，还可能是其他原因导致的，如偏头痛、贫血、颈椎病等。如有不适症状，应该及时就医进行检查，及时进行治疗，以免耽误病情。