肛瘘是继发于肛周脓肿的一个慢性疾病，肛瘘是肛周脓肿的后遗症期，也就是肛周脓肿是急性发作，当溃破之后，或者医生把肛周脓肿单纯的切开之后，会形成病理性的瘘管。

　　瘘管的一端在肛窦，也就是肛门内部距肛缘大概2cm的地方。另一端在肛门外面，或者在直肠壁上，形成了管道，称为肛瘘，主要原因就是最常见的腺源性肛周脓肿。

　　此外，还有一些其它的疾病，比如外伤、医源性损伤，包括肛裂、克罗恩病、肿瘤等其它疾病引起感染，最后溃破形成的病理性瘘管，都统称为肛瘘。