肛瘘的原因有很多，首先是外伤，比如车祸，容易将肛门周围皮肤和直肠穿通，进而造成肛瘘。

　　肛瘘最常见原因是直肠肛管周围脓肿，比如肛裂、痔疮、感染，脓肿破溃穿透后局部皮肤会形成窦道连通引起肛瘘。

　　肛瘘还与肠道炎性疾病有关，包括克罗恩病、溃疡性结肠炎，恶性肿瘤也会引起肛瘘。