胃肠功能紊乱的临床表现是胃肠道，包括咽、食管、胃、胆道、小肠、结直肠、肛门等相关症状。因症状不同，而有不同的命名。

　　胃肠功能紊乱与消化道动力紊乱、内脏高敏感性、黏膜和免疫功能变化、肠道菌群变化以及中枢神经功能处理异常有一定关系。在临床上，功能性胃肠病以功能性消化不良和肠易激更为多见。