但是目前临床上常见的首诊是局限单个的潜在恶性的胃肠道来源，区别于胃癌及肠癌的子间叶源性的肿瘤，这种肿瘤有病理上面的免疫组化指标的高度表达，以此和其它间叶源性组织的肿瘤可以明确区分。高表达的免疫组化指标叫CD17或者叫做Dog-1阳性的指标，所以确诊胃肠间质瘤其实需要做病理检查。

　　另外，因为体检意识的加强，偶然会发现没有症状的胃肠间质瘤。