真菌性角膜溃疡需要和病毒性的角膜溃疡相区分。

病毒性的角膜溃疡在发病之前，常会伴随有上呼吸道感染、发热这种疾病，会多数发生有病毒性的感冒或者是细菌性的感冒之后出现由角膜病变的可能，在这期间会出现角膜或者是皮肤上有点状的小包，逐渐形成溃疡。溃疡愈合以后会遗留有伴有新生血管的白班。

真菌性的角膜溃疡属于是真菌感染导致的，这种疾病在发病之前一般不会有感冒的症状，多数好发于农忙季节或者是比较高温的季节，在发病之前会有眼角膜受外伤，这种几率的可能性。

用抗真菌的药物或者是用消炎的药物才能够控制病情的发展，如果是病毒性的角膜炎需要用抗病毒的药物和抗细菌的药物得到控制和缓解。