本病的治疗以手术为主。发病后应尽早切开、通畅引流。准确寻找并处理肛隐窝（即内口）的感染，可达到一期愈合。若未及时诊治的患者，脓肿会自行破溃，破溃后脓液流出，局部肿痛及全身发热症状可缓解，但感染范围逐渐局限，最终形成肛瘘。行坐骨直肠窝脓肿引流术而未能彻底处理内口者，也会形成肛瘘，需再次手术。