卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变。正常情况下，子宫内膜长在子宫腔内，受到女性体内激素影响，每个月脱落一次，形成月经。

　　如果在月经期间，脱落的子宫内膜碎片随经血逆流，经输卵管到盆腔，种植在卵巢表面易形成异位的囊肿，此种异位子宫内膜会受性激素影响，随月经周期脱落出血，因为病变在卵巢上，所以导致卵巢逐渐增大，在卵巢内部形成陈旧性积血，外观像巧克力的形状，便称作巧克力囊肿。