孕40天有褐色分泌物说明有少量的阴道流血，因为出血量少，所以表现为褐色或者咖啡色。

　　有一部分女性在受精卵着床以后会出现少量出血现象，大多数属于正常现象，但是有少量女性出现阴道流血可能是流产的先兆。所以出现褐色分泌物或者咖啡色分泌物时，要及时到医院做相关的检查，比如B超或抽血查HCG和孕酮来排除胚胎发育异常的情况。如果孕酮值特别低，建议可以保胎治疗。

　　为了安全起见，怀孕出现褐色分泌物建议注意休息、避免剧烈运动，可以使用保胎药物进行治疗，然后再定期复查。