女性肛门两侧起许多小疙瘩同时伴有瘙痒的症状，可能是由多种疾病引起的，例如肛周湿疹、肛周皮炎、尖锐湿疣等，需要根据具体原因给予针对性的治疗。其具体情况如下：

1、肛周湿疹：是肛肠科常见的一种过敏性非传染性皮肤病，只局限于肛门周围皮肤，少量可累及会阴部，奇痒难忍、常潮湿，皮肤浸润性肥厚，可发生皲裂，同时可出现红疹、红斑、糜烂、渗出、结痂和脱屑等。在治疗时，主要采用内服加外用的方式进行治疗，一般内服抗组胺药物，例如苯海拉明、氯苯那敏、异丙嗪等，外用各种糖皮质激素类及焦油类制剂，有时加入尿素或维A酸等药物以增加疗效。

2、肛周皮炎：是一种有瘙痒感的、伴有皮肤损害的神经机能障碍性皮肤病，肛周皮炎可见局部皮肤发红、小丘疹、小疱疹，伴随瘙痒症状。在治疗时主要采用外用药膏涂抹进行治疗，例如20-40%煤焦油酊、5-10%的松馏油软膏、5-10%硫黄煤焦油软膏等。

3、尖锐湿疣：是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的常见性传播疾病，表现为生殖器周围的丘疹，可累及肛周，造成肛周感染，伴有瘙痒的症状，绝大多数尖锐湿疣是通过性接触传播。在治疗时首先可采用外用药物治疗，例如外抹用0.5%鬼臼毒素酊（或0.15%鬼臼毒素乳膏）、5%咪喹莫特乳膏、5%氟尿嘧啶乳膏等，同时也可配合使用手术疗法进行治疗，例如激光、冷冻、高频电刀、剪切术及刮除术等。