首先食管巨细胞病毒，食管CMV感染常可伴有其他内脏感染。因此，常可在胃肠粘膜以及粘膜下发现CMV。免疫重度抑制而长期存活的患者可引起食管溃疡，且合并真菌以及细菌感染，如果并发念珠菌感染或者是胃酸反流，则患者常伴持续性的食管疼痛。

其次，水痘带状疱疹的病毒感染。这种疾病偶尔可在成年人导致食管的带状疱疹和在儿童导致食管出现水痘，一般能自愈。然而，在重度免疫抑制和免疫功能低下的患者中，这种疾病可导致坏死性食管炎。食管中既可以见到疱疹，也可以见到融合成片的坏死灶。食管刷取物和活检标本中可见到SHV感染中类似的表现。但免疫组织学检查可将两类感染区分开来，在皮肤无带状疱疹的情况下，这种感染可进一步导致内脏的散播性感染。对以前有VZV感染者，可用ACV进行有效的预防。

人类免疫缺陷病毒感染食管可以成为人类免疫缺陷病毒感染的原发部位，可出现多个小溃疡。临床表现有发热、腹泻、吞咽疼痛以及一过性的皮疹。

乳头瘤病毒感染，可导致正常人的鳞状上皮长出疣和扁平湿疣，乳头瘤病毒感染食管较肛门会阴部少见，病变为皮肤疣和扁平湿疣的一种翻版。这些都是病毒性食管炎的鉴别方法。