进行肝穿刺有利于多种肝病的鉴别诊断，许多临床上诊断中比较困难的慢性肝病，比如各型病毒性的肝炎，酒精性的肝炎，肝结核，肝肉芽肿，血吸虫病，肝肿瘤，脂肪肝，肝脓肿，原发性胆汁性肝硬化等，往往需要通过肝穿刺来了解患者的肝脏病变，肝穿刺能直接了解肝组织的病理变化，并可以做出比较客观，精确诊断的检查方法，通过肝穿刺，用超敏感免疫组化和原位分子杂交技术，可以检测出寄生在肝组织中的肝炎病毒，通过肝脏的穿刺检查，可以对肝纤维化和早期，静止，或者尚在代偿期的肝硬化进行精确的诊断，并且能鉴别肝硬化的临床类型，区分是酒精性肝硬化还是肝炎后的肝硬化，以及是否伴有活动性的肝硬化，进行肝穿刺，根据肝组织炎症活动程度，有选择性的和针对性的应用抗病毒药物，将明显的提高治疗的疗效，肝穿刺还可以发现肝组织的病变情况为病情的变化，预后的判断提供客观的依据，有目的性的进行肝穿刺，可以开展肝脓肿的穿刺排脓，注射药物，无水酒精瘤内注射，治疗肝癌等等。