行肛门指诊和肠镜检查，疼痛感需要分人来看。首先，如果做肛检时，肛门括约肌比较紧或者患者合并有肛裂，疼痛是强于肠镜检查的。如果检查者的指头比较细，同时肛门部相对要松驰，其疼痛会低于普通肠镜检查。如果患者是做的无痛肠镜检查，因为有麻药的作用，在全过程中是没有疼痛感的，而肛门镜检查是不用给麻药的，所以过程中会有一些疼。

总之，无论哪种检查，都是为了将患者的病情查清楚，一些疼痛是可以接受的，如检查后有明显的疼痛，可适当口服轻度镇痛的药物以缓解症状。