头孢氨苄和头孢克肟区别药物的级别不同，而且抗菌的能力也是有所差异。
1、级别不同：头孢氨苄是第1代类的头孢类的药物，头孢克肟属于第3代头孢类的药物。
2、抗菌的能力有所差异：头孢克肟属于第3代的抗菌的药物，相对来说抗菌的能力相对来说是比较强的，临床上对于治疗革兰氏阳性菌感染所引起的疾病，能够起到很好的缓解效果。头孢氨苄一般对于皮肤表面葡萄球菌或者是金黄色球菌等球菌，有很好的抑制效果，对于革兰氏阴性杆菌没有效果。