褪黑素的副作用主要是会引起头晕、头痛的症状，一部分患者服用以后还会出现腹痛、腹泻的现象。另外服用褪黑素以后，能够导致患者在白天的时候也会出现睡觉的现象，大量服用还能够引起内分泌系统的紊乱。褪黑素主要是从肝脏和肾脏代谢，如果患者有严重的肝、肾功能不全，是不建议使用褪黑素的，因为褪黑素有可能会加重患者的肝、肾功能的症状。另外褪黑素还有可能会引起自噬的作用，对于妊娠的患者是不能够服用的。褪黑素对于阿司匹林副作用会加强，和阿司匹林同时使用的时候会导致出血的风险增加。所以对于一些脑血管疾病的患者，如果服用阿司匹林是不能够服用褪黑素的。