肛门上面长小米粒疙瘩，通常考虑是肛门毛囊炎、肛门的梅毒扁平湿疣，甚至尖锐湿疣等因素引起。应根据不同病因采取不同治疗措施。

1、肛门毛囊炎：

主要表现患者肛门或其周围皮肤，出现明显突出表皮的皮疹或小米粒疙瘩，还可能伴随周围皮肤出现红、肿、热、痛等一系列急性炎症的现象，甚至小米粒疙瘩上面还可能出现小脓点，或者流出化脓性分泌物。

治疗方面：首先，建议保持肛门皮肤清洁卫生，注意避免挤压，可以用擦拭碘伏消毒，外用抗生素软膏进行抗炎治疗（如：莫匹罗星软膏），严重的患者还可服用抗菌药物（如：阿莫西林）控制感染。

2、肛门的梅毒扁平湿疣：

梅毒扁平湿疣由梅毒螺旋体引起，是一种二期梅毒的皮肤黏膜损害表现。扁平湿疣最先发生在肛周和外生殖器等部位。早期可出现接近于肤色，或者肉粉色的扁平丘疹，如小米粒疙瘩。但随着病情逐渐的加重，甚至表面出现明显的溃烂，可呈单个或多个存在。

治疗方面：患者可行梅毒螺旋体、梅毒血清学检查，确诊后建议患者行激光治疗，以及配合肌肉注射长效青霉素如苄星青霉素治疗。

3、尖锐湿疣：

由于人乳头瘤病毒，即HPV病毒所致一种性传播的疾病，在临床常表现为外生殖器，同时包括肛门周围发生皮肤赘生物。发病初期可出现小米粒疙瘩，随着病情进展逐渐的增大，形成菜花状以及乳头瘤状。此时，可以通过醋酸白试验，以及HPV病毒基因等检测进行确诊。

治疗方面：可以采取激光以及液氮冷冻治疗将疣体切除。术后需口服抗生素（如：头孢他啶）预防感染，伤口痊愈后可通过干扰素局部进行封闭，或者可使用免疫调节剂，从而降低复发的风险。